1.高危險群：三歲以下小孩要特別小心，有較高的比率得到腦炎、類小兒麻痺症候群或肺水腫，要特別注意。
2.增強個人之免疫力：注意營養、均衡飲食、適當運動及充足睡眠。
3.加強個人衛生：正確並且勤加洗手，可以預防自身感染，和避免藉由接觸傳染給嬰幼兒。不與別人共用毛巾、牙刷、手帕、餐具。咳嗽或打噴嚏時應掩蓋口鼻。
4.兒童玩具應常消毒清洗，不讓幼兒養成咬玩具的習慣。玩具是孩子間互相傳染疾病的重要媒介，尤其是帶毛的玩具，以避免含有腸病毒口沫殘留於玩具上，降低接觸傳染的機會。
5.注意環境衛生：保持環境的清潔和通風。
6.避免接觸受感染者：避免出入過度擁擠的公共場所，不要與病患（家人或同學）接觸。
7.如有疑似腸病毒感染的症狀請儘速就醫。
8.從小餵食母乳，可以提高寶寶對腸病毒的抵抗力。
戴口罩，可以減少腸病毒飛沫的傳播。
陽光暴曬或室內經常的紫外線照射，可以大大降低腸病毒的活性。
乾燥可降低腸病毒在室溫下存活的時間。
食物加熱，內衣褲浸泡，50度C以上的溫度，腸病毒會很快的失去活性及死亡。
漂白水的洗滌擦洗疑似病人嘔吐分泌物物品地板，提高泳池餘氯，可以迅速讓腸病毒失去活性。
雖然大部份消毒劑及脂溶劑(酒精)都無法消滅腸病毒，但洗手卻可以大大減少手上可能沾染到腸病毒的量。
家裡有腸病毒生病小朋友時，如何預防腸病毒
1. 隔離生病小朋友與其他小孩，小心處理病患的排泄物（糞便、口鼻分泌物）。家裡的人和生病小朋友都應該加強洗手，尤其是在處理生病小朋友的糞便之後及飯前。
2. 不要與生病小朋友分享食物或共用餐具如奶瓶、奶嘴、湯匙等。生病小朋友應請假在家中休息，並且避免出入公共場所，以免傳染給他人。
3. 多補充水分，學童應請假(幼稚園大多規定一週不宜上學)在家休息，以免傳染給同學。
4. 對疑似感染腸病毒的幼（學）童，應特別注意其個人衛生習慣，避免與其他幼（學）童有親密的接觸行為，可建議就醫治療，並全力與家長溝通，儘量設法說服家長，讓病童在家好好休息至少一星期，或直至無發燒現象。
5. 對家中的第二個病患要特別小心，其所接受的病毒量往往較高，嚴重程度可能提高。
6. 患者應避免與孕婦、新生兒及其它小朋友接觸。
由於腸病毒型別很多，對於不同型腸病毒，有短暫的交叉免疫力，得過一種免疫力可持續一段時間，但無法得過一種就全部終身免疫。目前腸病毒中，除了小兒麻痺病毒以外，沒有疫苗可以預防，所以勤於正確洗手，保持良好個人衛生習慣，減少被傳染的機會是預防腸病毒的基本方法。
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